Profondément moderne, Isabelle Eberhardt le fut aussi dans son approche de l’Islam. Elle, qui se défendit toujours d’être une convertie (« … Je suis née musulmane et n’ai jamais changé de religion » alla-t-elle jusqu’à affirmer en 1903 dans un article de la Petite Gironde, jouant une fois encore sur l’ambiguïté de sa filiation paternelle) pratiqua d’abord et avant tout un Islam intérieur, très écarté d’une conception de l’Islam réduite à l’application de la loi religieuse et des commandements.