Les intellectuels musulmans qui travaillent sur les rapports de la science et de la religion puisent leur réflexion dans l’épistémologie de leur religion. En effet, la tradition islamique insiste sur la recherche de la « connaissance » (‘ilm), un mot qui revient plus de 800 fois dans le Coran et dans de nombreuses traditions prophétiques comme « la recherche de la connaissance est une obligation religieuse », ou « cherchez la connaissance jusqu’en Chine ». Cette connaissance a trois aspects : le savoir religieux transmis par la révélation, la connaissance du monde acquise par l’investigation et la méditation, et enfin, le savoir d’ordre spirituel accordé par Dieu.